蛋白酶K时常应用于分子生物学领域。在制备核酸时，蛋白酶K可以将杂蛋白去除，并迅速使核酸酶失活，避免其降解目标产物DNA和RNA。另外，蛋白酶K还有其他优点，它在变性剂存在下仍能保有活性，如SDS、尿素、EDTA等等，这点与其他蛋白酶（如胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶）相当不同。

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